La iglesia románica de San Facundo y San Primitivo, del siglo XII, es indudablemente el monumento románico más destacado del Valle de Iguña. Sabemos que ya en 1068 y en 1119 existía como monasterio de advocación a los santos señalados. Este templo, a pesar de las numerosas reformas que ha sufrido, conserva la traza y elementos decorativos genuinamente románicos.
En 1068, Sancho II lo donó a Oca, y en la segunda la reina Urraca, a quien debía pertenecer, lo entregó a la Catedral de Burgos. Esta es una fecha muy consecuente para dársela a la iglesia, pues sus características no repugnan en absoluto tal cronología. Parece que consta su fundación en el año 938. Y poco más sabemos de su historia. Durante la guerra civil se quemó su interior sufriendo gran daño los capiteles del ábside.
Es iglesia de una sola nave que fue reformada posteriormente. Conserva, sin embargo, su puerta primitiva del lienzo meridional de estructura románica, anticipada del muro, y, en el tejadillo, los canecillos románicos.
Lo más interesante de la iglesia y lo mejor conservado exteriormente es el ábside, de muy buenas proporciones y con organización bastante primitiva. Se divide en tres calles separadas por altas columnitas cuyos capiteles forman en la línea general de la cornisa. Tres bellos ventanales, los tres con guardapolvos de taqueado jaqués y arquivolta de bocel, nos ofrecen a primera vista esa sensación de aproximarse en estilo al románico de peregrinación. Los capiteles están también tocados de arcaísmo. Hay temas como el de los obreros portadores de caldero, que ocupa un capitel de la ventana izquierda, que es repetido en edificios románicos de la prima mitad del siglo XII. Muy rica es también la serie de canecillos que sostienen la cornisa, con temas muy diversos, sobre todo de tipo animal, algunos de rollos y volutas, y otros iconográficos con arpista, cargador de bidón, hombre y mujer desnudos, etc.
El interior vuelve a ofrecer su mayor interés en el ábside que lleva en todo su recorrido -incluido el presbiterio- arcaduras bajas (nueve), de medio punto, con guardapolvo de billetes. Todos apoyan en capiteles historiados, de la misma mano de quien talló los exteriores, y otros de piñas, pelícanos, etc. La acción directa del fuego ha provocado la rotura desgraciada de muchos de ellos.
La cronología de la iglesia de Silió puede correlacionarse con la de la pequeña iglesia de Pujayo (hoy trasladada a Molledo-Portolín) fechada en 1132. El maestro cantero que esculpe sus capiteles es el mismo que trabaja en Silió. Hay que rechazar los repetidas cronologías más modernas.