Su construcción data de inicios del siglo XII y conserva su factoría románica con construcciones adosadas en épocas posteriores, tales como el porche de la fachada Sur y la sacristía añadida posiblemente en el siglo XVII.
La iglesia presenta una única nave rectangular y ábside semicircular. Conserva toda la estructura románica original, salvo la espadaña que ha sufrido modificaciones posteriores. Los vanos son estrechos y se abren en las fachadas Oeste, Sur y en el ábside. La decoración se concentra sobre todo en el ábside y en la puerta principal. Junto a esta iglesia está el cementerio, en el cual hay un destacado ciprés.
En el año 2002 fue declarada Bien de Interés Local.
La Iglesia de San Juan Bautista formaba parte de un antiguo monasterio perteneciente a la Orden de San Juan de Jerusalén. La Orden tenía jurisdicción propia por lo que el Prior de San Juan era el propietario de las parroquias y ermitas del valle. En el catastro del Marqués de la Ensenada del siglo XVIII se menciona San Juan de Raicedo como señorío del Marqués de Aguilar de Campoo.
